肿瘤早筛NGS解决方案
——cfDNA甲基化和片段化特征NGS检测
早筛是降低肿瘤死亡率的有效途径
全球每年有近两千万癌症新增病例和近千万癌症死亡病例,而我国的癌症患病率处于国际中等偏上水平。WHO认为三分之一的癌症可通过早期发现得到根治。相比于晚期癌症,早期癌症未发生转移,更容易通过手术、放化疗等手段清除,在癌症早期进行治疗干预,有助于增加患者存活机会,减轻痛苦,降低经济负担。目前尚无有效治疗晚期癌症的手段,及早发现及早治疗被认为是处置癌症最有效的手段,因此提升肿瘤检测的灵敏度对于提高癌症患者生存率具有重大意义,这其中早筛早诊将会起到重要作用。
图1 恶性肿瘤漫长生长(数据来源:蛋壳研究院)
检测技术各放异彩
根据 CB Insights 数据,在液体活检的所有细分应用领域中,肿瘤早筛是增速最快的,预计 2023 年市场规模达到 3.44 亿美元,复合增速 71.8%。从肿瘤发生与转移机制看,肿瘤细胞通过被动分泌(坏死或凋亡)与主动分泌释放外泌体及 ctDNA、cfRNA 等进入血液,可在超早期探测到肿瘤信号。以 ctDNA 为代表的液体活检技术在肿瘤早筛领域有较大发展潜力。为了追踪肿瘤,需要区别 ctDNA 与正常 cfDNA 的区别,目前主要通过基因突变、甲基化修饰状态、拷贝数异常,以及核小体站位等作为区分依据。
表1 部分早筛产品技术对比
公司 |
产品 |
检测内容 |
病种 |
诺辉健康 |
常卫清 |
KRAS基因突变,BMP3/NDRG4甲基化,血红蛋白 |
结直肠癌 |
和瑞基因 |
莱思宁 |
拷贝数变异,末端序列特征,核小体分布,DN**段化,5hmc等 |
肝癌 |
泛生子 |
HCCscreen |
cfDNA甲基化及突变、AFP、DCP |
肝癌、肺癌、消化道癌症 |
燃石医学 |
BrELSATM |
超深甲基化靶向测序 |
泛癌种 |
华大基因 |
华甘宁 |
25个肝癌相关基因甲基化水平 |
肝癌 |
鹍远基因 |
常乐思 |
综合检测Septin9基因等多个基因甲基化区域 |
结直肠癌 |
GRAIL |
Galleri |
多组甲基化DNA标记 |
超过50种癌症的泛癌种筛查 |
Exact Sciences |
Cologuard |
KRAS基因突变,BMP3/NDRG4甲基化,β肌动蛋白基因,血红蛋白 |
结直肠癌 |
Guardanthealth |
Lunar-2 |
基因组突变,异常甲基化修饰,片段组检测 |
结直肠癌 |
总体来看,早筛产品在NGS方面主流的技术路线主要有两种,一种是基因甲基化特征的cfDNA甲基化测序,另一种是基于cfDN**段化末端特征及CNV的全基因组测序。基于甲基化的NGS技术通常可分为捕获法或多重PCR来获得目标区域通过机器学习,模型分析获得早期肿瘤微弱信号,基于cfDN**段化末端特征及CNV的检测通常基于不同类型的基因组建库,对标志物进行AI算法分析,来捕捉到肿瘤早期微弱信号的差异。
不同的早筛实现技术各放异彩,推动着早筛领域迅速发展,对于早筛产品,敏感性、特异性、诊断效率、阳性预测值、阴性预测值是非常重要的产品指标,因此,产品原料对这些性能有非常重要的影响,翌圣生物作为生命科学原料企业,通过长期匠心修炼,开发出一系列生命科学工具,和您携手助力早筛领域的发展。
翌圣NGS产品解决方案
目前随着生命科学及诊断产业持续高速增长,市场对高质量上游产品的需求日益增大,特别是疫情期间更是出现诊断关键设备和原料被卡脖子的被动境况。伴随中国生命科学产业的崛起、世界范围内诊断行业快速增长,中国工具产业迅速崛起。可靠的国产上游平台原料工具对于下游产品性能有非常重要的作用。翌圣生物是一家专注于生命科学工具类产品开发的高新技术企业,在早筛领域,翌圣也在致力于开发相应的早筛产品上游原料,基于甲基化特征方面的甲基化建库或者基于cfDN**段化及末端特征的全基因组建库,小翌分别推荐翌圣甲基化建库试剂盒及全基因组建库试剂盒。
甲基化建库产品推荐
Hieff NGS® Methyl-seq ssDNA library Prep Kit是一款用于Illumina®测序平台的单链DNA甲基化建库试剂盒,适用于各种经Bisulfite处理的样本,包括gDNA、FFPE DNA、cell free DNA(cfDNA)、ChIP DNA等,可以满足1 ng~200 ng 起始量的样本建库。相较于传统的双链DNA甲基化建库,我们提供了一种基于DNA单链的甲基化建库方法,经过DNA变性、3’ Adapter连接、互补链延伸、5’Adapter连接及文库扩增,将Bisulfite处理的DN**段最终转化为适用于Illumina®平台测序的文库。本产品不仅更加经济,同时也提供了简便快速的建库流程,一般在3小时左右可以完成正常建库。
数据展示
一、产量高、兼容不同类型样本、数据展现好
分别以gDNA、FFPE、cfDNA为模板,进行建库(转化试剂盒:EZ DNA Methylation-Gold Kit(Zymo Cat No. D5005)),和国外竞品对比,本试剂盒文库产率要比竞品高(图1)。在测序数据方面翌圣Mapping ratio(%)比竞品略高(图2),dup ratio(%)和竞品相当。
图1 gDNA、FFPE、cfDNA样本文库产率
图2 不同类型样本Mapping ratio(%)
图3不同类型样本dup ratio(%)
二、捕获后数据表现好
分别以gDNA、cfDNA为模板,进行建库及靶向捕获(转化试剂盒:EZ DNA Methylation-Gold Kit(Zymo Cat No. D5005)捕获试剂:xGen Hybridization and Wash Kit(IDT Cat No. 1080577)捕获Panel:客户定制化Panel),和国外品牌竞品对比,本试剂盒文库uniq ratio、On-target reads rate均明显优于竞品(图4)。
图4 gDNA、cfDNA建库+靶向捕获uniq ratio、On-target reads rate
全基因组建库产品推荐
Hieff NGS® Ultima Pro DNA Library Prep Kit for Illumina® V2是针对Illumina®高通量测序平台专业开发设计的新一代建库试剂盒。本产品采用高质量的酶学组成,在前一代建库试剂盒的基础上,改进了DN**段末端修复和加A效率,同时改善了接头连接效率。本试剂盒采用新型的高保真酶,显著提高扩增均一性和保真性,可应用于常规动植物基因组、微生物基因组、FFPE、cfDNA、ChIP DNA等样本,助力获得好的测序数据。
数据展示
一、文库产出高
分别以NA12878、小牛gDNA为模板,100ng投入量进行建库,Yeasen产品与竞品对比文库产率明显高于竞品(图1)。以5ng cfDNA为模板,进行文库构建,翌圣建库产量要明显高于竞品(图2)。
图1 FFPE、cfDNA样本文库产量
图2 cfDNA样本文库产量
二、保真性好
以5ng cfDNA为模板,进行文库构建,Yeasen产品mismatch和indel率低于竞品(图3)
图3 cfDNA样本mismatch和indel率
三、较低的接头自连率
以5ng cfDNA为模板,进行文库构建,Yeasen产品Total diff chr率低于竞品(图4)
图4 cfDNA样本Total diff chr率
除了上述两款产品外,翌圣还有更多性价比高的NGS相关产品,比如Hieff NGS® DNA Selection Beads 分选磁珠(12601ES),可完美替代AMPure XP Beads,还有dsDNA HS Assay Kit for Qubit®等产品供客户选择。当然客户亦可根据自身需求,选择建库模块来满足自己的产品应用。欢迎大家登录翌圣官网进行咨询(https://www.yeasen.com/)。
产品详情
类别 |
产品名称 |
产品编号 |
规格 |
甲基化建库试剂盒 Illumina |
12211ES08 |
8T |
|
12211ES24 |
翌圣生物科技(上海)股份有限公司 商家主页地 址: 上海市浦东新区天雄路166弄一号楼三层南单元 联系人: 李自转 电 话: 400-6111-883、021-34615995-8075 传 真: 021-34615995-188 Email:lizizhuan@yeasen.com 相关咨询RNA建库系列产品选购指南 (2024-11-22T00:00 浏览数:4909) DNA建库系列产品选购指南 (2024-11-22T00:00 浏览数:3061) 全自动核酸提取仪,让HCD残留和支原体污染等检测更轻松&准确 (2024-11-22T00:00 浏览数:4114) 复制型逆转录病毒(RCR)的法规监管要求和检测方法介绍 (2024-11-22T00:00 浏览数:2204) 解决方案 | 病原tNGS产品助力病原检测更快捷 (2024-11-22T00:00 浏览数:4857) 翌圣Hieff Clone®系列分子克隆试剂盒(累计影响因子1300+) (2024-11-21T00:00 浏览数:5578) YeaRed/YeaGreen无毒核酸染料,您的安全科研助手 (2024-11-21T00:00 浏览数:3448) 线粒体探针应用 - 罗丹明123(Rh 123) (2024-11-21T00:00 浏览数:2322) 阿尔玛蓝(Alamar Blue)在细胞增殖中的应用 (2024-11-21T00:00 浏览数:4870) 磺酰罗丹明 B(SRB)在细胞增殖中的应用 (2024-11-21T00:00 浏览数:4933) ADVERTISEMENT
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