1.病毒载体的敏感性性强
在强酸、强碱、高盐、低盐、高剪切等环境条件下，病毒载体高度敏感，这对亲和层析填料的配基的选择带来了难度。亲和层析填料的配基跟目标病毒载体良好结合后，在相对温和的洗脱条件下，才可能避免在纯化过程中病毒颗粒由于PH的变化所导致的感染性丧失的问题。
2.病毒载体的粒径可变性大
病毒载体的类型不同，大小也不相同，一般大小在20 到 200 nm的范围内，有些病毒载体可能更大，如溶瘤病毒。病毒载体的粒径越大，亲和层析填料的动态结合载量 (DBC)越小，所以需要更大的柱-亲和层析系统来进行纯化，这势必会增加成本。
3.病毒清洗和消毒的问题
病毒载体的敏感性、粒径的可变性，在去除生物负荷这个问题上，也会产生不小的难度，因为一些用作亲和层析调料的配基是蛋白质或者肽，它们与在线灭菌 (SIP) 方案可能存在不兼容的地方。因此，病毒清洗和消毒对配基的选择上的重要性不言而喻。
二、病毒载体的亲和层析填料的商业化情况
1.病毒载体的亲和层析填料商业化的挑战
病毒载体的亲和层析填料商业化具有两大挑战：第一，目标较大的产物可能会产生较低的产能。因为，目前的亲和填料通常是为抗体的最佳工艺而设计的,粒径大多在 10-15 nm左右，但是许多病毒载体的粒径较大，如腺病毒为90-100nm、 γ - 逆转录病毒为80-100nm，根本无法进入孔内与基球进行结合，导致产能降低。第二，亲和层析填料通常必须特定于某种病毒载体，对于 AAV ，还必须是特定的血清型（AAV2、AAV8、AAV9 等）。这就意味着这一类别的填料的应用困难，病毒载体生产商很难使用单一亲和层析填料为一系列载体构建平台纯化工艺。
2.AAV亲和层析填料商业化情况
目前，市面上的AAV亲和层析填料的类型主要有： 血清特异型和非特异型。对于血清特异型，都需要进行优化和筛选，从而找到对血清特异型能很好地与亲和配基结合的填料。
但是病毒载体的情况越来越复杂，就会存在与现有的亲和配基不结合的情况。因此，亲和层析填料的生厂商把眼光又转移到了基于电荷的平台化方法上来，这种方法能降低成本、兼容SIP和CIP工艺、跨血清型灵活。
三、病毒纯化亲和层析填料的新方案
英国Biotoolimics推出了病毒纯化亲和层析填料：ViralPolishTM Range，该系列产品包含双层琼脂糖珠（含惰性外壳），孔径大小受到严格控制，内部多功能配体可快速高容量结合杂质。其中，ViralPolishTM 5000B亲和层析填料专门为温和洗脱条件下，AAV而设计，在不牺牲动态结合载量的情况下提高碱稳定性。
